Определенно. Просто дайте ссылку на него из вашего html (тега привязки), и html-файл должен находиться в вашей папке www. Не забудьте добавить «phonegap.js» в тег скрипта, например, в файл index.html, если вы хотите получить доступ к функциям Phonegap.