Во-первых, в качестве одноразового упражнения по очистке данных удалите потерянные строки, например,
DELETE
FROM ReferencingTable
WHERE NOT EXISTS (
SELECT *
FROM MainTable AS T1
WHERE T1.pk_col_1 = ReferencingTable.pk_col_1
);
Во-вторых, в качестве одноразового упражнения по изменению схемы добавьте ссылочное действие ON DELETE CASCADE
квнешний ключ в ссылочной таблице, например,
ALTER TABLE ReferencingTable DROP
CONSTRAINT fk__ReferencingTable__MainTable;
ALTER TABLE ReferencingTable ADD
CONSTRAINT fk__ReferencingTable__MainTable
FOREIGN KEY (pk_col_1)
REFERENCES MainTable (pk_col_1)
ON DELETE CASCADE;
Тогда, прежде всего, строки в ссылочных таблицах будут автоматически удалены при удалении их ссылочной строки.