Тот, который находится в Framework64, используется, если ваше приложение .net / IIS работает в 64-битном режиме. Другой используется при работе в 32-битном режиме.
При вызове диспетчера задач Windows, если к имени процесса добавлен «* 32», он запускается в 32-битном режиме. Если нет, то он работает под 64 бит.
Если ваша ОС 64-битная, то это, я полагаю, поскольку у вас есть обе папки на вашем компьютере.
Если вы используете IIS6 / 7, процесс называется w3wp.exe.
IIS7 также имеет больше настроек для этого, которые можно прочитать в этом посте .