Если «новый файл» будет прочитан только вашим приложением, то вы можете удалить его без фактического объединения их на диск.
Вы можете просто реализовать интерфейс потока, который ведет себя так, как если бы два файла были объединены, и затем использовать этот поток в отличие от того, чем когда-либо является реализация потока файлов по умолчанию, используемая вашей структурой приложения.
Если это не сработает для вас, и вы используете Windows, вы всегда можете создать точку повторного анализа и фильтр файловой системы. Я верю, что если вы создадите «мини-фильтр», он будет работать в пользовательском режиме, но я не уверен.
Вы можете найти больше информации об этом здесь:
http://www.microsoft.com/whdc/driver/filterdrv/default.mspx