ViewResult, который вы возвращаете в действии вашего контроллера, имеет свойство MasterName.
Попросите, чтобы действие вашего контроллера получило параметр, который сообщает ему, находитесь ли вы в IFrame или нет, и тогда вы можете выполнить
if (isInIFrame)
{
ViewResult result = View();
result.MasterName = "IFrameMaster";
return result;
}