Из того, что я получил из вашего комментария, вы просто хотите что-то вроде этого:
RewriteEngine on
# Prevent a request directly to the /drupal folder
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]+\s/drupal/
RewriteRule ^drupal/(.*)$ /site/$1 [R=301,L]
# Change a request for /site/(anything) to /drupal/(anything)
RewriteRule ^site/(.*)$ /drupal/$1
Будьте осторожны, поскольку Drupal (находящийся в папке Drupal) может генерировать ссылки, указывающие на / drupal вместо / site, что, по-видимому, не то, что вам нужно.