Вы должны сознательно вносить изменения, а не только в состояние вашего каталога.Если вы фиксируете только то, что намереваетесь совершить, проблема в том, что спорный вопрос.
Я почти всегда использую git add -p и фактически обращаю внимание на все, что происходит в процессе изменения.Я изменяю лот кода в течение дня, и иногда я иду дольше, чем хотелось бы, без фиксации.Легко разделить всю эту работу на несколько коммитов, прежде чем закончить.
Тем не менее, я делаю поддерживаю .gitignore, и я довольно часто использую git clean, чтобы стеретькаталог.