Я обычно использую стандартную настройку CI; просто с отдельным контроллером (ами) для области администратора, которая контролирует аутентификацию / интерфейс администратора / и так далее.
Затем просто разбейте ваши представления на отдельные папки front / и admin /
Под ними у вас может быть больше подпапок
admin/settings/user.php
admin/settings/template.php
admin/content/newpage.php
и т. Д.
Относительный путь должен использоваться при загрузке представлений, содержащихся в подкаталогах.
$this->load->view('admin/settings/user', $data);