Если вы делаете только сотни обновлений, а не десятки тысяч, возможно, проблема в скорости связана не с записью данных, а с поиском. то есть, возможно, в операторе update есть предложение where, и для поиска правильной строки, которую нужно обновить, требуется некоторое время. Если это так, то отключение автоматической фиксации не поможет - вам понадобится индекс для поля в предложении where.
Сколько строк в таблице?
Как выглядит оператор обновления?
Вы также можете попробовать подготовленные заявления, но для менее тысячи обновлений это не должно иметь большого значения.