Зависит от того, что вы подразумеваете под обычной установкой Windows CE. Сама Windows CE является модульной операционной системой, поэтому разные устройства могут иметь разные модули. Поэтому на каждом устройстве Windows CE может быть установлена совершенно другая ОС (даже без головы).
Coredll - это стандартная «общая» библиотека, включаемая в установку Windows CE, однако она может содержать различные компоненты в зависимости от других модулей в системе.
Если вы хотите использовать относительно стандартную версию Windows CE, либо выберите стандартный набор компонентов SDK, либо перейдите на платформу Windows Mobile.
Если у вас есть SDK, установите и используйте его. Если ни один из них недоступен, вы можете создать SDK с помощью Platform Builder и файлов проекта ОС.
Чтобы приложение работало с установкой Windows CE, отличной от Windows Mobile, вам просто нужно удалить код, использующий библиотеку aygshell, и не связываться с этими библиотеками.