Да, WebSphere написан на Java. Обычно на серверах приложений компоненты были ориентированы на высокую производительность (например, прослушиватели HTTP), написанные на C / C ++ и скомпилированные для различных поддерживаемых платформ. В настоящее время все меньше серверов приложений используют этот подход и почти всегда полностью написаны на Java (я не уверен, действительно ли это так в WebSphere, но большая часть этого написана на Java).
Что касается производительности относительно более высокой производительности WebSphere, большую ее часть можно отнести к производительности IBM J9 JVM, которая в отличие от JVM, производных от Sun, больше ориентирована на серверные приложения (по крайней мере, это то, что утверждают некоторые, хотя я не заметил огромной разницы).