Будет ли getServletContext().getRealPath(...)
то, что вы ищете?
Например, мне нужно выполнить некоторую обработку изображений, если веб-приложение работает в Linux и если инструменты ImageMagick доступны (и, нет, я не хочу использовать оболочку Java ImageMagick). В моем веб-приложении есть репозиторий «images», в котором присутствуют все мои изображения. Я могу получить действительный развернутый каталог, введя:
getServletContext().getRealPath( "images" )
Что дает:
/home/tomcat/apache-tomcat-6.0.26/webapps/mywebapp/download
Обратите внимание, что в вашем случае я не уверен, что вам нужно это: вы действительно хотите порождать новый процесс Java с помощью Runtime.exec?