Почему бы не разбить одну конечную точку веб-службы с 2 контрактами на две конечные точки веб-службы по разным адресам и по 1 контракту на каждый и использовать только одну в своем клиентском приложении.
Непонятно, почему ваш дизайн требует 2 контракта на 1 конечную точку, что позволяет клиенту использовать только 1 контракт.
Или добавьте некоторые меры безопасности, может быть, некоторые довольно простые вещи, такие как добавление поля пароля к сигнатурам методов в контракте, доступ к которому вы хотите ограничить.