Вы не можете сделать это через IDE, но вы можете сделать это вне IDE и написать программу для ручного изменения файла .classpath и добавления банок.
Например, файл .classpath для вашего проекта eclipse будет выглядеть примерно так:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<classpath>
<classpathentry kind="src" path="src/java/main"/>
<classpathentry kind="src" path="src/java/tests"/>
<classpathentry kind="con" path="org.eclipse.jdt.launching.JRE_CONTAINER/org.eclipse.jdt.internal.debug.ui.launcher.StandardVMType/jre1.5.0_17"/>
<classpathentry kind="lib" path="test_reflib/commons-codec-1.3.jar"/>
<classpathentry kind="lib" path="test_reflib/commons-collections-3.2.1.jar"/>
<classpathentry kind="lib" path="test_reflib/commons-fileupload-1.1.1.jar"/>
</classpath>
Итак, вы можете написать программу, которая сканирует каталоги, которые вы передаете в нее, и вручную изменяет этот файл .classpath, чтобы он содержал файлы jar.
Лично я никогда не делаю этого, просто помещаю все нужные баночки в одну папку и включаю их в проект. Или, если мне нужно что-то вроде банки JBoss, я просто включаю те, которые хочу.