Вы можете включить все файлы конфигурации в установку, а затем просто указать правильный файл с помощью переменной среды.Я знаю, что вы хотите переключить файл конфигурации на основе конфигурации сборки решения, но вы будете искать сложное решение, когда существует более простая альтернатива.
Довольно просто добавить информацию реестра во времяустановка пакета, в которой переменная окружения компьютера будет установлена под ключом:
HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager\Environment\MyVariable
... по пути .dtsConfig для текущей среды.