Производительность вашей виртуальной машины будет зависеть от того, как вы ее реализуете, а на каком языке.Если вы реализуете это одинаково в c # и c ++, производительность будет сопоставимой.
В пользу c ++ говорит то, что вы можете выполнять части нативного кода непосредственно из своего изолированного приложения.То же самое можно сделать в c #, но это требует некоторого перевода и выдачи соответствующего байтового кода с Reflection.Emit
.