Я должен согласиться с комментарием Bombes: потоки не прерываются сами по себе. Вопреки комментариям Jokis - они не прерываются, когда происходит перестановка контекста потока (фактически, если поток спит, он передает свою квоту любому потоку, который должен сделать, но я отвлекся).
Кроме того, я бы посоветовал альтернативные средства связи, чем опрос файлов. Например, вы не можете быть уверены, что после того, как вы обнаружили файл, он был полностью записан без дополнительной работы со стороны средства записи файлов (например, переименование его, когда он готов, или создание «готового» файла).
Подумайте об использовании чего-то более «проталкивающего данные», такого как RMI, HTTP-POST, JMS-очереди и т. Д.