Я совсем не уверен, что вы спрашиваете, но вы спрашиваете, как использовать конфиги, установленные в application.ini, из контроллера? Если это так, вы должны загрузить этот конфиг в Zend_Registry в ваш загрузчик и затем извлечь его в свой контроллер.
Так в bootstrap.php
protected function _initConfig() {
$config = new Zend_Config_Ini("../application/configs/application.ini");
Zend_Registry::set('config', $config);
}
В вашем контроллере
$myConfig = Zend_Registry::get('config');