Трудно сказать, стоило ли это того. Если вы предполагаете, что если это выполняется внутри процесса через JNI, код OCR может напрямую обращаться к данным изображения без необходимости записывать их в файл, то он, безусловно, устранит все ограничения дискового ввода-вывода.
Я бы рекомендовал придерживаться более простого подхода и использовать вариант JNI только в том случае, если производительность не приемлема. По крайней мере, тогда вы сможете провести сравнительный анализ и оценить прирост производительности, который вы могли бы реализовать.