Вы должны как-то хранить ссылку на компонент как переменную.
var myComponent : UIComponent = mxmlID
this.removeChild(myComponent)
Тогда в будущем вы можете сделать это:
this.addChild(myComponent);
Ничто об использовании пользовательских компонентов не должно влиять на это вообще. Мне неясно, что происходит за кулисами с удаленными идентификаторами набора MXML; но я предполагаю, что они являются мусором, и вы не сможете получить доступ к одному и тому же компоненту с одним и тем же идентификатором.