Я почти уверен, что javascript не знает, из какого файла он загружен, поэтому не должно быть проблемы при ее объединении, однако ...
Лично я бы держал их отдельно. Это упростит координацию управления версиями и т. Д. Для большинства повторных посещений скрипт все равно будет кэшироваться браузером, поэтому 2 на 1 не является большой проблемой. Но когда вы обновляете одно (или другое), клиенту нужно загрузить только половину. Но опять же, поскольку он обычно кешируется, это не важная персона!
Так что для простоты - сохраните сценарии в их первоначальных формах. Учитывая ваш вступительный комментарий «Я не слишком много знаю о javascript», это, безусловно, лучший подход; Я не имею в виду это пренебрежительно - просто, если что-то идет не так, вам не нужно искать, сломали ли вы это или уже сломали.
Редактировать: также легко упорядочить, например, если вы используете два сценария, которые используют ту же терминологию, что и $
в jQuery, который также поддерживает режим с явным присвоением имен.