Я не знаю ни одного freemailer, где вы могли бы запускать такие сильно настроенные фильтры.
Пожалуйста, укажите «почтовый клиент с открытым исходным кодом», так как в вашем вопросе нет необходимости в веб-интерфейсе.
В качестве возможного решения вы можете написать небольшой скрипт, который а) собирает почту каждые x минут (cronjob) и б) применяет ваш фильтр. Это работает на многих бесплатных веб-хостингах php, также есть несколько бесплатных cronjob-сервисов ( first google hit ), которые могут вызывать ваш скрипт каждые x минут.
Zend_Mail и, возможно, PHPMailer - хорошие почтовые библиотеки.