Вам не нужно извлекать файл войны. Вы начинаете Гудзон, как это:
java -jar hudson.war
Если вам нужно передать ему аргументы командной строки, вы можете сделать что-то вроде этого:
java -Xmx512m -jar hudson.war --httpPort=8090 --prefix=/hudson --logfile=/tmp/hudson.log"