phpize, похоже, хочет настроить компиляцию в 32-битном режиме (i386) вместо 64-битного режима (x86_64). Если вы скажете компилятору и компоновщику использовать 32- и 64-битные режимы, он должен работать. Эти команды исправили это для меня:
$ phpize
$ export MACOSX_DEPLOYMENT_TARGET=10.6
$ export CFLAGS="-arch i386 -arch x86_64 -g -Os -pipe -no-cpp-precomp"
$ export CCFLAGS="-arch i386 -arch x86_64 -g -Os -pipe"
$ export CXXFLAGS="-arch i386 -arch x86_64 -g -Os -pipe"
$ export LDFLAGS="-arch i386 -arch x86_64 -bind_at_load"
$ ./configure
$ make
$ sudo make install