Я не уверен, что имеет смысл говорить о преимуществах одного над другим, учитывая, что это совершенно разные вещи: MSysGit - это программа, используемая людьми, Git # - библиотека, используемая машинами.
Это все равно, что спросить, в чем преимущество ломтика пиццы перед Международной космической станцией.