Я храню его в своем каталоге site-media вместе с CSS, изображениями и JavaScript, например:
site-media/
img/
css/
js/
uploads/
Затем я игнорирую каталог загрузки в моей системе контроля версий (вы используетеуправление версиями, верно?).
Использование этого подхода означает, что ваши загрузки могут быть обработаны любым способом, который вы используете для обслуживания мультимедиа (я передаю его прямо из Apache, используя символическую ссылку).