Q1: Вы должны построить матрицу проекции вручную и загрузить ее как единый mat4 в свой вершинный шейдер.
Q2: Относительно Q1, просто настройте матрицы моделей и проекций, чтобы использовать другую систему координат. Помните, что матрицы преобразования преобразуются из одного пространства в другое, поэтому просто найдите матрицу, которая преобразуется из вашего собственного пространства в пространство обрезки ([-1,1] ^ 3).