WatiN использует плагин JSSH для связи с браузером FireFox. Всякий раз, когда вы вручную запускаете FireFox, JSSH не активируется.
Чтобы вручную запустить FireFox, вы должны использовать firefox.exe -jssh, чтобы сообщить FireFox о запуске JSSH.
Когда WatiN запускает FireFox, он автоматически делает это за вас, поэтому он работает, когда вы запускаете FireFox с помощью WatiN, но не когда вы вручную запускаете браузер.