array_key_exists($property, $Fruit[$species])
->
для объектов, []
для записи и чтения из массивов.
Кстати, если ваши значения не могут быть null
, я бы рекомендовал isset
вместо array_key_exists
:
isset($Fruit[$species][$property])
Должен быть более интуитивным.