Ну, есть простые решения для этого, но, возможно, это не подходит для всех случаев.
Если вы установите свойство проекта InstallAllUsers в значение true, установщик будет работать с "NT AUTHORITY \ SYSTEM" Учетная запись, но если вы установите ее в значение false, она будет работать с удостоверением пользователя, который запускает установщик.
Установка его в false работала для меня, даже если я устанавливалслужба Windows, которая работает для всех пользователей.