Это само по себе может быть проблематичным в будущем, потому что компьютеры, на которых я развертываю, имеют очень строгие правила безопасности.
Похоже, вам нужно определить правила безопасности и определить, будет ли возможно использовать Java. Если это не так, то нет смысла идти дальше и пытаться определить, как лучше всего преодолеть проблемы, с которыми вы столкнулись.
Поскольку вы, вероятно, будете гораздо лучше владеть Java, я бы порекомендовал вам придерживаться этого, если нет веской причины не любить правила безопасности. Чем больше вы можете сохранить небольшое количество переменных изменений, тем выше вероятность успеха ... и быстрого успеха.
Кроме того, я провел несколько тестов с VTK на Qt, и у меня не было проблем с его работой, но я также очень хорошо знаю Qt. Я не пробовал VTK под Java.