Немного рефакторинг, думаю, это то, что вы хотите:
$(document).ready(function(){
var $sel = $("#rfr-topnav a[href*='#root#']");
var rootUrl = $('#ctl00_RootUrlId').val();
$sel.each(function() {
var $this = $(this), href = $this.attr('href');
$this.attr('href', rootUrl + href.slice(href.indexOf('#root#') + 6));
});
});