Я ищу удобные механизмы для хранения / восстановления динамически создаваемых данных на диске.Данные - это сеть объектов, связанных индексами или указателями.
Что ж, я верю, что SQLite / MySQL подойдет вам, у них есть BLOB-поля, они достаточно быстро индексируются и имеют множество дополнительных функций.