Это должно быть довольно простое регулярное выражение, если все, что вы хотите сделать, это заменить два переноса строки на один.
preg_replace("/\n[ \t]*\n/is", "\n", $inputString);
[ \t]*
будет соответствовать нулю или более пробелов или табуляций между переводами строки.