Обычно для этого вы используете инструмент автоматизации сборки, такой как make или MSBuild, поскольку они также могут отслеживать зависимости.
Для простого пакетного файла вы можете легко удалить все *.o и *.d файлы с
del *.o *.d
Если у вас есть другие файлы, которые необходимо удалить, вы также можете добавить их в строку.