Вы можете предварительно создать их, поскольку не совсем секрет, какие коллекции вам понадобятся:)
Вы можете запустить что-то вроде:
for ($month = 0; $month < 12; $month++) {
for ($day = 0; $day < 31, $day++) {
$c = $db->getCollection("logs.2010.$month.$day");
$c->ensureIndex(array("foo" => 1));
}
}
ensureIndex
создастколлекция, если она еще не существует.