@Stateless
public class YourServiceBean implements YourService {
@PersistenceContext(unitName="YourServicePU")
EntityManager em;
// ...
}
При этом будет внедрен экземпляр EntityManager, от которого вам не нужно избавляться (об этом заботится контейнер), и который должен хорошо работать с транзакциями, управляемыми контейнером.