Устанавливаете ли вы записи реестра HKEY_CURRENT_USER случайно? Это объясняет, почему восстановление запускается при использовании ярлыка для запуска приложения.
Обратите внимание, что для каждой машины (для всех пользователей) не следует создавать записи в HKEY_CURRENT_USER. Ваш установщик должен использовать HKEY_LOCAL_MACHINE для общих настроек приложения. Ваше приложение может затем использовать HKEY_CURRENT_USER для сохранения любых пользовательских данных.