По определению, модифицированные файлы не отслеживаются. (Неподтвержденные изменения, ну, в общем, не переданы.) Вы, безусловно, можете напрямую скопировать рабочее дерево, если у вас есть доступ, но в противном случае, если вы хотите получить его, вам нужно его зафиксировать. Конечно, вы можете передать его во временную ветку, но каким-то образом его нужно зафиксировать.
Редактировать: Этот ответ о потягивании с помощью git . Если вы хотите скопировать файлы (или скопировать diff), как в ответе OP, вы можете сделать это, но суть в том, что это операция, требующая доступа к файловой системе, а не удаленная операция git.