Вы не сможете сделать это, если не захотите переписать каждый хеш коммита. Если вы решите переписать историю хранилища, чтобы исключить этот каталог, вам придется согласовать это с любым, кто является участником или потребителем хранилища.
Вам нужно будет filter-branch настроить дерево. Скрипт должен будет изначально создать репозиторий, который является субмодулем внутри репозитория. Он должен будет фиксировать этот внутренний репозиторий всякий раз, когда происходит изменение, и корректировать ссылку на подмодуль в родительском объекте, фиксируя это также на этом уровне.
Теперь вы можете опубликовать репозиторий, и никто не сможет выполнить операцию подмодуля git, но это то, что вам нужно.