Зависит от типа хранилища ключей. Тип по умолчанию для Java - JKS, поэтому .jks имеет смысл. Существуют и другие типы хранилищ ключей, такие как PKCS12. Типичные расширения файлов для хранилищ ключей PKCS12: .p12 и .pfx. Глядя на расширения файлов в окне открытого файла для Portecle , он рассматривает .ks, .jks, .jceks, .p12, .pfx, .bks и .ubr как возможные. Однако я сам сталкивался только с .jks, .p12 и .pfx.