Как насчет обновления каждого столбца идентификатора (включая внешние ключи) на его первоначальное значение, умноженное на 10, затем добавьте 1 для первой базы данных и 2 для второй базы данных.
Таким образом, идентификатор 1 становится 11 на 1 дБ и 12 на 2 дБ. Поскольку первичный и внешний ключи претерпевают одно и то же изменение, вам не нужно беспокоиться о том, как связаны записи, вы просто делаетеобновления с той же формулой.
Таким образом, это будет что-то вроде
На БД 1:
UPDATE user SET id = id * 10 + 1;
UPDATE privilege SET id = id * 10 + 1, user_id = user_id * 10 + 1;
На БД 2:
UPDATE user SET id = id * 10 + 2;
UPDATE privilege SET id = id * 10 + 2, user_id = user_id * 10 + 2;