Mule предоставляет всю конфигурацию сервиса через JMX, но я не вижу очевидного способа перенастроить коннекторы без перезагрузки. Они внутренне управляют пулами соединений.
Если есть ограничения, вы можете создать соединители для каждого и перенастроить маршруты с помощью атрибутов jmx.
Если он должен быть полностью динамичным, вам, вероятно, потребуется реализовать собственный компонент службы для управления соединением ftp. Представление управления соединением, настройки и перезапуска через JMX должно быть довольно простым.