Я подозреваю, что в большинстве J2EE-контейнеров уже есть модуль LDAP для аутентификации, и в этом случае проблема заключается не в программировании, а в адаптации конфигурации от одного контейнера к другому. Для этого не требуется практически никакого кода. Непонятно, почему вы тогда разработали свой собственный код для аутентификации LDAP.
Если вы действительно хотите, чтобы эта конфигурация была независимой от контейнера, вам непременно потребуется встроить аутентификацию в само веб-приложение.
Например, платформа Restlet может сделать это, но это часть более широкого архитектурного выбора, который может или не может быть тем, что вам нужно.
Даже если вы программируете свой собственный код LDAP, например, через JNDI или JAAS, вам, скорее всего, придется настроить конфигурацию контейнера, возможно, для его менеджера безопасности, чтобы пропустить соединения с вашим сервером LDAP (если он включен) или хотя бы настроить, какой сервер LDAP использовать при развертывании приложения.
Я думаю, что в общем случае разумнее использовать модуль контейнера (который будет варьироваться в зависимости от контейнера). В конечном итоге это зависит от того, как вы настраиваете свои веб-приложения при их развертывании.