вы смотрели на
.ready ()
задокументировано здесь
http://api.jquery.com/ready/
он должен работать, как только Dom будет готов к использованию.
PS Что вы подразумеваете под ASP.NET JavaScript, любой JS, созданный из ASP.NET, будет выполнен до того, как страница будет возвращена клиенту. вторая страница возвращается пользователю, все JS должны быть сгенерированы или тоже связаны (если во внешнем js-файле)
EDIT:
Вы имели в виду, что в вашем JS они работают на doc ready, и вы хотели бы запустить свой после этого?
не могли бы вы сделать скрипт, который вызывает все функции по порядку? как это