Это невозможно с gprof (по моему опыту, gprof в основном не работает, если вы не можете статически связать все , включая libc, и люди из libc действительно не хотят, чтобы вы делали это в наши дни) но вы должны быть в состоянии сделать это с kcachegrind. Он даст вам подробную информацию о всей программе, но без символов для части, для которой у вас нет источника, и вы просто проигнорируете эту часть. Бонус: не нужно перекомпилировать.