У вас есть ненужные группы захвата, которые затягивают откат PCRE.Попробуйте это:
$replace = array(
"/<script.*?><\/\s?script>/s",
"/<style.*?><\/\s?style>/s",
"/<!--.*?-->/s",
"/\r\n/s"
);
Другое дело, \s
(пробел) в сочетании с \S
(не пробел) соответствует чему угодно.Так что просто используйте шаблон .
.