Вы можете использовать playerGroup, чтобы убедиться, что вы не получаете игроков, которые имеют разные версии приложений. Просто преобразуйте вашу версию в уникальное целое число (например, 1.2 становится 102) и поместите ее в свойство playerGroup вашего GKMatchRequest.
Тогда только игры с одинаковой группой игроков (= версия) сопоставляются друг с другом.
Обратите внимание, что вы на самом деле не уверены, что более старые версии не совпадают друг с другом (что в любом случае было бы плохой политикой), но вы можете по крайней мере предотвратить игры между разными версиями.
Для получения дополнительной информации см. Расширенные темы по организации матчей в http://developer.apple.com/library/ios/#documentation/NetworkingInternet/Conceptual/GameKit_Guide/Matchmaking/Matchmaking.html
Редактировать: Apple недавно добавила многопользовательскую совместимость в Game Center. Нажмите на свое приложение и установите версии, с которыми эта игра совместима. Это также работает для игровых пакетов с группами игровых центров.