Вы можете использовать Process Monitor, чтобы точно определить, что процесс делает с обращениями к реестру.Если вы хотите отлаживать приложение во время его запуска, вы можете использовать вкладку «Параметры файла образа» утилиты GFlags, где вы можете указать отладчик, который будет запускаться вместо запуска определенного приложения.