Нет хорошего варианта избавиться от окна сообщения, если это сторонний dll.
Однако, поскольку C # компилируется в IL, вы можете просмотреть байт-код и удалить вызов на MessageBox.Show
или заменить его вызовом на Trace.WriteLine
. Вы можете сделать это, например, используя инструменты ildasm.exe
/ ilasm.exe
, поставляемые с SDK.